Tham dự vòng đấu bảng của AFC Cup 2012 có tổng cộng 32 CLB và được làm 8 bảng, mỗi bảng 4 CLB. Theo kết quả bốc thăm, CLB SLNA nằm ở bảng F cùng với Tampines Rovers (Singapore), Terenggaru (Malaysia) và Kitchee (Hong Kong).  Trong khi đó, CLB Navibank Sài Gòn ở bảng H cùng với Arema Indonesia (Indonsesia), Ayeyawady (Myanmar) và Kelantan (Malaysia).

Xét về tương quan lực lượng, đối thủ lớn nhất của SLNA tại bảng F chính là ĐKVĐ S-League Tampines Rovers. Navibank SG đối diện với nhiều khó khăn hơn khi các đối thủ cùng bảng đều có trình độ khá cân bằng. Arema Indonesia là đương kim Á quân giải VĐQG Indonesia, Ayeyawady đến từ Myanmar mang theo khát vọng của tân binh AFC Cup, trong khi Kelantan thực sự đáng gờm khi vừa tăng cường sức mạnh với 2 ngoại binh người Cameron ngay sau khi giải Malaysia Super League 2012 mở cửa trở lại với các cầu thủ ngoại.

Năm 2010, một đội bóng của Việt Nam là Đà Nẵng đã lọt vào tứ kết AFC Cup.

Các đội sẽ thi đấu theo thể thức vòng tròn 2 lượt (sân nhà-sân đối phương) tính điểm xếp hạng. Đội xếp thứ nhất và đội xếp thứ nhì tại mỗi bảng sẽ giành quyền thi đấu tại vòng 2 (vòng 16 đội).

Hiện tại, AFC chưa thông báo thời gian tổ chức các trận đấu vòng bảng của AFC Cup 2012. Tuy nhiên, lượt trận đầu tiên dự kiến sẽ diễn ra vào đầu tháng 3/2012.

Kết quả bốc thăm vòng bảng AFC Cup 2012:

Bảng A: Al Qadsia (KUW); Al Ittihad (SYR); Al Faisaly (JOR); Al Suwaiq (OMN)

Bảng B: East Bengal (IND); Kazma (KUW); Arbil (IRQ); Al Orouba (YEM)

Bảng C: Al Ahed (LIB); đội thua trận Playoff 1/2 của AFC Champions League; Kuwait SC (KUW); V.B. (MDV)

Bảng D: Đội thua trận Playoff AFC Champions League khu vực Tây Á; Salgoacar (IND); đội vô địch Cúp QG của Oman; Al Wehdat (JOR)

Bảng E: Al Shorta (SYR); Al Safa (LIB); Al Tilal (YEM) hoặc Victory (MDV); Al Zawraa (IRQ)

Bảng F: Kitchee (HKG); Terengganu (MAS); Song Lam Nghe An (VIE); Tampines Rovers (SIN)

Bảng G:Yangon United (MYA); Citizen (HKG); Home United (SIN); đội thua trận Playoff AFC Champions League khu vực Đông Á

Bảng H: Kelantan (MAS); Ayeyawady (MYA); Arema Indonesia (IDN); Navibank Saigon (VIE)